Mission UD：白血病等のがん患者を救え！169Ligands

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1 ：名無しさん？ ：04/11/20 17:04:32 ID:???: 　　　　　　本プロジェクト通称UDは世界中のPCで分担して
　　　“抗がん剤の候補分子”を絞り込もうというプロジェクトです。

　　　　　　　　つまり　『がん患者を救える』　って事です

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　　　　 ┗┛　 ┗━┛┗┻┛┗┻┻┛　┗━┛┗━┛┗┻┛
　　　　　　　grid.org Cancer Research Project Team 2ch
　　　　- CPUの空き時間をがん治療薬探しに貸してください -
　　　　　　Team 2ch 支援サイト　http://ud-team2ch.net/

　　　　　　　　 _＿＿＿_.　　　｜　　　　　　　　　　　　 ∧＿∧
　　　∧,,∧　　　 |｜＼　　＼ |￣ |　　point　 ∧＿∧ 　（´<_｀　）
　　ミ,,ﾟДﾟ彡　　.|｜　 l￣￣ l |：／＼　ゲット（　´_ゝ`）　/　　 ⌒i
　┌‐ﾐつつ／￣|｜／.￣￣/／　　　＼　　　／　　　＼/ 　　　|　|
　 |└ヾ,, ,,|二二二」二二ﾆ. ∧＿∧　　＼ /　　　/￣￣￣￣/　|
　　￣||∪∪ 　 |　||　　／（　´∀｀）//￣￣/_ﾆつ/　 FMV　 / .| .|＿
　―――――――― < 　（つ　＿// 2ch,/　 > ――――――――
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　/ つ＿//　　　　　　 /　＼￣￣￣￣"／..=| ／　　／　｜|　∧∧
　し'`|＼// ＿Hikkie＿/.　　　＼　　／ |.￣ |l￣￣ l　　 |｜(ﾟДﾟ ,)
　　　＼｝..二二二二二_｝　　　　＼／　　|　＝| ＼￣＼　｜|￢ ⊂ ヽ/
　　２ちゃんねる www.2ch.net 　｜　[二二二二二二二|二二二」　　）

◇ 前スレッド　　　　http://ex7.2ch.net/test/read.cgi/entrance/1100707287/
◇ ガイドライン板　 http://that3.2ch.net/test/read.cgi/gline/1060270556/
649 ：名無しさん？ ：04/11/22 00:11:20 ID:???: >>646
乙！
650 ：名無しさん？ ：04/11/22 00:13:13 ID:???: MaxとMinはどの意味？
651 ：名無しさん？ ：04/11/22 00:15:23 ID:???: >>650
え？　最大値/最小値じゃないの？？
分子だの業界専門用語みたいのは全く翻訳はわからんですが・・
MAXだのはゲームで出てくるじゃん
652 ：名無しさん？ ：04/11/22 00:22:01 ID:???: いや、何の最大値/最小値かなって。
653 ：名無しさん？ ：04/11/22 00:23:43 ID:???: スーパーモンキースさ
654 ：名無しさん？ ：04/11/22 00:26:12 ID:???: >>644
上の奴は、

環境的スコア：
ここ（この図？）で、疎水性アミノ酸部分はオレンジ色の星で表され．．．
だから左の状態は良く、右の状態はあまり良くない。

エネルギー値の低い（つまり安定した）たんぱく質の場合、折られた時、
水を好む部分は（表面に）集まり、水を嫌う部分は（表面から離れて中心部に）集まる傾向があるから。

って感じか？
そのページの図があると分かりやすいんだが．．．
655 ：640 ：04/11/22 00:27:57 ID:???: >>654
すまん、ここから転載した。
ttp://www.grid.org/projects/hpf/howitworks_scoring.htm
656 ：640 ：04/11/22 00:29:54 ID:???: >>650
俺は専門家じゃないから分からん…
657 ：名無しさん？ ：04/11/22 00:32:56 ID:???: >>646
がんばる記念日おつ･･･ﾊﾌﾊﾌ(謎
658 ：名無しさん？ ：04/11/22 00:35:24 ID:???: >>654
あー、なるほど。なんか変な文だと思ったら図が無かったんか。
結局この文章はスコアの数値についてはなにも書いてないみたいね。
659 ：名無しさん？ ：04/11/22 00:39:08 ID:???: いまサブ機にお越し中のﾛｾﾞｯﾀﾀﾝ、66時間経っても帰ってくれません（´･ω･`）
進捗82%。
あと一日ぐらいかかるかなぁ………っつか硬すぎヽ(`Д´)ﾉｳﾜｧｧﾝ　＠AthlonXP2400+を2600+相当で
660 ：ぼるじょあ ◆yBEncckFOU ：04/11/22 00:40:10 ID:???: >>658
（・３・）　エェー　別解説の画像入り
　　　　　　　　　　こっちはかなりわかりやすいYO
http://systemsbiology.org/Default.aspx?pagename=humanproteome#Rosettascore
661 ：名無しさん？ ：04/11/22 00:44:24 ID:???: >>655
㌧。
そのページの右の図の事だな。

下の奴は、
ペア辺りのスコア：
Cys―Cysまたはδ+―δ- の間の結合（っぽい物）があればあるほど点が高い。

つまり簡単に説明しようとすると、たんぱく質を構成するアミノ酸の部分らを、
「水」部分（hydrophilic, polar）と「油」部分（hydrophobic）に分けたとき、
Environmental scoreは全体を見た時の油部分がどれだけ上手い具合に中心部に集まってるかの評価、
Pair-scoreは隣り合う部分同士でどれだけ弱結合が出来るかの評価、

って感じかな？

>>656
俺も専門家で無いので、間違いがあったら補足お願いします。
662 ：名無しさん？ ：04/11/22 00:46:48 ID:???: あーもう、科学苦手！！
ふて寝します。
663 ：名無しさん？ ：04/11/22 00:48:58 ID:???: >>659
そんなに硬いのもあるのか。うへぇ
うちのは31時間で31％＠セレ1GHz
当初の予測通り・・・
664 ：名無しさん？ ：04/11/22 00:49:19 ID:???: カラフルな　＿|￣|○　が集まってフォークダンス

http://systemsbiology.org/images/scoreScematic2.jpg
665 ：名無しさん？ ：04/11/22 00:52:55 ID:???: これなんか動きがｴﾛｲよ
http://systemsbiology.org/images/movies/1d3z.mov
http://systemsbiology.org/images/movies/1d3z.mpg
666 ：640 ：04/11/22 00:56:49 ID:???: >>661
ﾄﾝｸｽ
>Cys―Cysまたはδ+―δ- の間の結合（っぽい物）があればあるほど点が高い。
これがmaxとminの正体か。
簡単に言えば、うまい具合に水をはじく部分を探してるようなものなのかな？

…化学は苦手だorz
667 ：名無しさん？ ：04/11/22 00:57:00 ID:???: >>664
そうか、その考え方があったか！

フォークダンスの列が円では無く、好きな様に折られるとして、その形式を観察して、
Environmental scoreは、外交的な奴ら同士で人のかたまりの外側に集まって、内向的な('A`)が内側で集まると高い。
Pair-scoreは、手を繋いでないで隣り合ったペア同士で、外交的同士ｶﾌﾟｰﾙか特殊('A`)ペアが多くあるほど高い。
668 ：プログラミング初心者 ：04/11/22 01:04:41 ID:???: >>587
ここ数日更新が遅いですね。
確かにUDのHP重いのも原因ですが
もうひとつはDL中のデータ更新にあります。
UDの元のデータベースは基本的には１日一回更新ですが
新規参入者や改名はすぐに反映されます。
そのたびにUD社のデータベースは更新されデータの順番が流動します。
この更新による流動がDL中に発生するとデータが重複したりして
何度もDLしないと人数分揃わないんです。

人数増加にともないDLするページが増える→時間がかかる→DL中に更新が発生
→さらに時間がかかる→DL中に更新・・・と、いった具合です。
幸いまだアク禁にはなってないようです。

日報を楽しみにしてる皆様には申し訳ないです。
669 ：名無しさん？ ：04/11/22 01:05:36 ID:???: ロゼッタ、HSP90v2の4倍くらい重いな・・・
こんだけ重いと外すしかねーな。もう俺はPhaseIIだけにするよ
さよならロゼッタ。
670 ：640 ：04/11/22 01:07:00 ID:???: >>667
うお、すげぇ分かりやすい。
言い出しっぺの俺がｱﾎでごめんね。
>>668
いつもお疲れ様です。
671 ：名無しさん？ ：04/11/22 01:09:06 ID:???: >>668いつも乙です。
毎日見てるよ、煽りは気にせず頑張ってくれ
672 ：名無しさん？ ：04/11/22 01:12:22 ID:???: >>640
>>667
こうやってUDの情報が公開されていくのか…
なんか、ちょっと感動したよ。
お疲れさん。
673 ：名無しさん？ ：04/11/22 01:16:20 ID:???: >>668

お疲れ様です。毎日お世話になっています。
674 ：名無しさん？ ：04/11/22 01:16:23 ID:+H3fgu8b: ロゼ専やってたんだけど、だいたい
8時間
21時間
8時間
8時間
10時間
10時間
8時間
8時間ペース(解析中)
くらいの硬さで、極端に重いのって1つしか当たってない。
みんなこんなもん？
675 ：名無しさん？ ：04/11/22 01:19:44 ID:???: ぜんぶ確認しているわけじゃないが
そんなもんだ
676 ：名無しさん？ ：04/11/22 01:20:19 ID:???: >>674
俺は1回だけロゼッタ来たが、大体20時間弱で提出できたな。
ちなみに、PenⅢ 1.2GHz
677 ：名無しさん？ ：04/11/22 01:20:55 ID:???: 実際に構造解析が済んでいるタンパク質を
ろぜﾀﾝに食わせたら、どんな解析結果が出るんだろう

自然界の姿が最高スコアになるのかな？

この辺論文とかあるのかなぁ。
678 ：名無しさん？ ：04/11/22 01:21:08 ID:???: 漏れは解析時間24hオーバーのばっかりだ＿|￣|○
athlon64 3200+使ってるのに（；´д⊂）
679 ：名無しさん？ ：04/11/22 01:24:05 ID:???: 萌やすみ、ほのか…
680 ：名無しさん？ ：04/11/22 01:28:13 ID:???
681 ：名無しさん？ ：04/11/22 01:29:26 ID:???: >>680
なるほどね。
682 ：名無しさん？ ：04/11/22 01:29:50 ID:???: 風呂入って寝よ
683 ：名無しさん？ ：04/11/22 01:30:42 ID:???: 　＜⌒／ヽ-、_＿_
／＜_/＿＿＿＿／
684 ：名無しさん？ ：04/11/22 01:31:07 ID:???: >>668
いつもお世話になってます。お茶と栗饅頭どぞーつ旦~~ っω

漏れの場合は１時半位で更新されなければすぱっと諦めて翌朝に
日報貼るようにしてるのでマターリとやってください。

煽る香具師を気にするのはｲｸ（・Ａ・）ﾅｲ
という事で気にしない気にしない。
685 ：名無しさん？ ：04/11/22 01:31:24 ID:???: >>674
17時間
44時間
 >>663
こんな感じ
686 ：185 ：04/11/22 01:32:10 ID:???: Athlon64 3000+
最高28時間かかったけど、今のロゼたんは4時間以内に終わりそうだ。
3時間で80%近いのでほぼ間違いない。
７倍も差があるのか…
687 ：名無しさん？ ：04/11/22 01:32:30 ID:???: >>681
いや、俺は >>680には賛成できないな
688 ：名無しさん？ ：04/11/22 01:33:38 ID:???: >>687
だが、>>680の理論も一理あると思う。
689 ：名無しさん？ ：04/11/22 01:39:03 ID:???: ロゼッタが来たのか・・・・　そろそろフル回転をやめますね
690 ：名無しさん？ ：04/11/22 01:50:52 ID:???: （＾Д＾）＜ｵｰﾊﾞｰｸﾛｯｸと鯖読みしようよ
691 ：名無しさん？ ：04/11/22 01:52:44 ID:???: >>690
タカラギコを思い出す。
692 ：名無しさん？ ：04/11/22 01:53:08 ID:???: >>668
改名は朝方やれば良いって事でつか？
693 ：プログラミング初心者 ：04/11/22 01:55:26 ID:???: みなさま、どうもです。

まあ、プログラムが自動で作成してるだけなので
本人はのんびり見てるだけです。
ときどき思いついてプログラム改良しようかなー
として失敗したりもしてますが、ほとんど放置状態です。
ω
旦~~⊂ ｵﾁｬと栗饅頭ﾄﾞﾓｰ
694 ：名無しさん？ ：04/11/22 01:55:59 ID:???: >>692
お前みたいなのは改名すんなボケ！
695 ：名無しさん？ ：04/11/22 01:58:42 ID:???: >>692
いつでもいいんでない？
プログラム初心者さんのサイトは、UD鯖の状況によってデータ取得の時間が異なってくるし。
>>693
乙です。
色々と意見があるようだけど、俺は感謝してるよ。
696 ：名無しさん？ ：04/11/22 02:00:26 ID:???: >>693
今日から初心者なんだからアマグラミングと名乗れ
697 ：名無しさん？ ：04/11/22 02:01:51 ID:???: そういや、みんなまだネットワーク値は100のまま？
698 ：名無しさん？ ：04/11/22 02:02:26 ID:???: >>697
俺は100のまんま。
ロゼッタの時も100だった。
699 ：名無しさん？ ：04/11/22 02:04:29 ID:???: >>696
負のエネルギー放出してると、霊が寄ってくるぞ。
やめとけ。
700 ：名無しさん？ ：04/11/22 02:04:47 ID:???: みーんな罰金してるのね
鯖読みしちゃおうよ(^Д^)ﾆﾔﾆﾔ
701 ：名無しさん？ ：04/11/22 02:05:25 ID:???: そういえば最近ラウンジもチーム内チームができて改名ブームだしねえ。
迷惑はかけたくないものだよ。
702 ：名無しさん？ ：04/11/22 02:07:40 ID:???: Windowsで2G以上のメモリ積んでも認識しないって本当？
703 ：名無しさん？ ：04/11/22 02:12:47 ID:???: >>702
ホント
704 ：名無しさん？ ：04/11/22 02:13:29 ID:???: >>702
マックもG5になって解決したぐらいだし。
でも64bitCPUなら2G超えるんじゃね？
705 ：名無しさん？ ：04/11/22 02:13:31 ID:???: >>703
ふえ、じゃあ3Gとか積んでも意味ないのかorz
ｻﾝｸｽｺ
706 ：名無しさん？ ：04/11/22 02:14:11 ID:???: 上限以上はメモリをディスク化してしまえばいい
707 ：名無しさん？ ：04/11/22 02:15:02 ID:???: >>706
なる。
早いしね。
708 ：名無しさん？ ：04/11/22 02:16:21 ID:???: >>706
そもそも認識できないのにどうしろと
709 ：名無しさん？ ：04/11/22 02:16:30 ID:???: え！？
4GBじゃね？
710 ：名無しさん？ ：04/11/22 02:17:20 ID:???: >>708
いや、Windowsでは使用しないってだけ。
>>709
そうなの？
711 ：名無しさん？ ：04/11/22 02:17:25 ID:???: おいおい
712 ：名無しさん？ ：04/11/22 02:18:56 ID:???: ４Ｇつめるようになってるマザーボードは
動かないのに売ってるのか。
713 ：名無しさん？ ：04/11/22 02:20:04 ID:???: マザーボードがWindowsだけでしか動かないわけじゃないから >>712
714 ：名無しさん？ ：04/11/22 02:20:16 ID:???: >>712
Linuxでは動くんじゃね？
715 ：714 ：04/11/22 02:20:47 ID:???: >>713
ｽﾏｿ、かぶった。
716 ：名無しさん？ ：04/11/22 02:22:21 ID:???: つー事は、Windowsのみを使用するのであれば、2G以上のメモリは必要ないって事か。
ロングホーンでは分からんけど。
717 ：名無しさん？ ：04/11/22 02:23:14 ID:???: >>693
DBで飯食ってる者の端くれですが
鯖止まったりしない限りちゃんと毎日更新出来てるのは凄いyo
あんだけ重いとこから大量に引っ張ってくるのは神経いるんだよね・・・

煽りと自演は2chの華ですし、あんまり気にせずにまたーりお願いいたします
718 ：名無しさん？ ：04/11/22 02:40:48 ID:???: Rosettaは、アミノ酸の結合角度を変えるシミュレートを行います。
アミノ酸はhydrophilicとpolar（水）とhydrophobic（油）に分類する事ができます。

Rosetta score:
シミュレーションの結果、新しい組織を得た際にスコアが得られます。

Environment score:
アミノ酸の「油」の部分が上手い具合に中心に集まっているかで、スコアが得られます。

Pair score:
この、「水」同士と「油」同士、隣り合う部分が弱結合(*1)出来るかでスコアを得られます。

*1　弱結合…友達感覚でくっついている状態です。ちなみに、強結合は運命共同体みたいなもんです。

score = hit(?)

って事でFA?
719 ：名無しさん？ ：04/11/22 02:44:54 ID:???: 誰もいない・・・
720 ：名無しさん？ ：04/11/22 02:47:38 ID:???: えー、マジで誰もいないのかorz
ﾓﾔｽﾐ
721 ：名無しさん？ ：04/11/22 02:51:06 ID:???: 俺も寝るよ　ﾉｼｼ
722 ：名無しさん？ ：04/11/22 03:03:11 ID:???: 仕事おわんね…
723 ：名無しさん？ ：04/11/22 03:19:58 ID:???: >>722
(,,ﾟДﾟ) ｶﾞﾝｶﾞﾚ!

漏れは寝る
724 ：名無しさん？ ：04/11/22 04:23:59 ID:T9s+u5+3: ｳﾎｯｲｲｵｶﾏ
725 ：名無しさん？ ：04/11/22 04:27:17 ID:???: >>668
さっさと失せろ
726 ：名無しさん？ ：04/11/22 04:34:48 ID:???: >>>725
3時間以上前のレスに粘着するのか？(･∀･)ﾆﾔﾆﾔ
727 ：名無しさん？ ：04/11/22 04:34:50 ID:???: ↑自分から去ることが出来ない奴
728 ：名無しさん？ ：04/11/22 04:35:53 ID:???: こんな時間にｹｺｰﾝorz
729 ：名無しさん？ ：04/11/22 04:37:02 ID:???: 誰か暇な人過去24時間で重要なレスをまとめてくれ
730 ：名無しさん？ ：04/11/22 04:48:53 ID:???: 日報 >>512-513 >>517-520 >>527
日報が24日からおよそ1週間休み >>633
UD1周年の人 >>622 >>637
ロゼッタの説明ページ作ってる人 >>640他
プログラミング初心者 >>668 >>693
ロゼッタが硬い

以上
731 ：名無しさん？ ：04/11/22 04:49:36 ID:???: >>730
乙
732 ：ベルかな ◆NAKaoH8kb. ：04/11/22 06:10:47 ID:???: . ノﾉﾍﾍヾ
〔丶｀∋´〕ノおはよう
733 ：名無しさん？ ：04/11/22 06:23:38 ID:???: ( ･д⊂ヽ゛ﾓﾊﾔｳ
734 ：名無しさん？ ：04/11/22 07:38:29 ID:aRM0+ttM: どうせ影響喰らってるのって、１００位以下の下位の連中とか、コロコロ改名してるチンカス共だろ？
そんな TEAM 2ch に貢献できてない奴なんか相手にするだけ無駄。
735 ：名無しさん？ ：04/11/22 07:40:52 ID:???: おはようございます。
736 ：名無しさん？ ：04/11/22 07:53:04 ID:???: 大佐、>>734の様子がおかしい。故障じゃないのか？
737 ：名無しさん？ ：04/11/22 07:55:02 ID:???: ほっとけ
738 ：名無しさん？ ：04/11/22 07:56:13 ID:f1vi4e5D: 松坂
739 ：名無しさん？ ：04/11/22 09:29:32 ID:???: 朝から荒れ荒れだな
もうちっとマッタリやろーよ
頑張ってやっても疲れるだけだよ
740 ：名無しさん？ ：04/11/22 09:33:12 ID:???: なんか、ドロドロだな
741 ：名無しさん？ ：04/11/22 10:03:51 ID:???: (´∀｀)
742 ：名無しさん？ ：04/11/22 10:05:32 ID:???: 奈良の事件は、ねらーの仕業か・・・
さいてーだよ　おにいちゃん
743 ：名無しさん？ ：04/11/22 10:05:41 ID:???: 荒れてるなぁ。
まあ、寒くなってきて、イライラするのも分かるけどね。
744 ：名無しさん？ ：04/11/22 10:11:56 ID:???: |´・ω・`) Lotus Super Officeを使ってる人っている？
745 ：名無しさん？ ：04/11/22 10:31:29 ID:???: >>744
Open Office .org派でつ・・・
746 ：名無しさん？ ：04/11/22 10:48:27 ID:???: Open Office .orz
747 ：名無しさん？ ：04/11/22 10:49:39 ID:???: アゴをゴリッゴリッってやりすぎたら朝起きてアゴが空かなくなってた
748 ：名無しさん？ ：04/11/22 10:55:53 ID:???: ドラえもんの声が変わるみたい
ttp://headlines.yahoo.co.jp/hl?a=20041121-00000108-kyodo-ent
749 ：名無しさん？ ：04/11/22 10:59:12 ID:???: >>747
良く判らんが軟骨がらみかな。
骨に異常を来たすからそういうクセはやめたほうが良いよ。

何かいい情報は無いかと「アゴなんこつ」でぐぐったら、
全然違うのがでてしまってorz

役立たずで(´･ω･`)ゴメン

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